Shopify paga a sus usuarios a través de varios métodos de pago. Cuando un cliente realiza una compra en una tienda Shopify, el pago se procesa a través de Shopify Payments o de una pasarela de pago de terceros. Si el propietario de la tienda utiliza Shopify Payments, los fondos se depositan directamente en su cuenta bancaria en unos pocos días hábiles. Si se utiliza una pasarela de pago de terceros, los fondos se transfieren normalmente a la cuenta del propietario de la tienda de acuerdo con el calendario de pagos de la pasarela de pago. Los propietarios de las tiendas también pueden optar por recibir los pagos a través de métodos alternativos como PayPal o transferencias bancarias manuales.